Знакомая фишка. Я думал, что это было связано с установкой новых версий билдера. Вобщем, кто-то (какая-то программа) поменяла JAVA_HOME. Посмотрите что у вас в %JAVA_HOME% - скорее всего там не та ява, обратите внимание, особенно на то, что Виндовс не разрешит 32-бит приложению запустить 64-битную яву. Т.е. если ява 64 битная, то точно не запустится.
Еще такой момент, mxmlc - это вобщем даже и не совсем программа... это просто скриптик, который запускает java -jar mxmlc.jar с параметрами которые он читает из jvm.config в директории вместе с ним. Есть шанс, что mxmlc.exe "забыл" откуда читать, или еще каким-то образом "потерялся".
Чтобы посмотреть работает ли оно вообще, попробуйте что-то такое:

Код:
java -Dsun.io.useCanonCaches=false -Dapplication.home="%~dp0.." -Xms64m -Xmx512m -jar "%~dp0..\lib\mxmlc.jar" %"
где %~dp0 это должна быть текущая директория, если запускаете прямо из bin.
http://bugs.adobe.com/jira/browse/SDK-20208
Есть и тикет по этому поводу.