Такое бывает при включеном gzip например. Особенно ИЕ не дружит с этим и не правильно / самостоятельно определяет размер контента. Скорее всего проблему кустарными способами не решить, только если она не возникла врезультате таких же кустарных манипуляций. Еще nginx известен тем, что перевирает размер контента, как с этим разбираться - не знаю.
ЗЫ. Если bytesLoaded != bytesTotal - то это уже очень плохо
тут уже на клиенте это никак не решить. Надо чтобы присылали все, что запрашивалось.