SWFObject + wmode:"transparent"
Например:

Код:
var flashvars = false;
var params = { menu: "false", allowScriptAccess: "always", allowFullScreen: "false", quality: "high", bgcolor: "#f2f2f2", wmode: "transparent" };
var attributes = { id: "logo_obj" };
swfobject.embedSWF("flash/logo.swf", "logo", "140", "80", "9.0.0", "flash/expressInstall.swf", flashvars, params, attributes);
Можно просто, при обычной публикации wmode задать transparent в двух местах - для IE и для других браузеров. Но