[Cheburashka]

A*. Да, спасибо за совет, действительно, там тоже из-за for each может быть рандом.

Добавлено через 42 часа 36 минут
Прошелся по всем циклам for each, заменил на while те, из-за которых могут происходить случайности. Не помогло.
Заменил Timer на ENTER_FRAME - поведение то же.
В общем при этих изменениях в коде, флеш ведет себя так же как и до них.
Провел тест: запустил 3 окна, в которых проигрываются одинаковые записи. В том, которое активно, результат правильный - игрок не потерял ни одной жизни (как и было при записи). А те 2 окна, которые были не на первом плане, показывают неверный результат - в обоих потеряно по 3 жизни (тут результаты почти идентичны).
Средний fps активного окна 29.8, а не ативных - 29.15.

Подскажите, плиз, куда еще копать.

Добавлено через 45 часов 18 минут
Всем спасибо, пока смог добиться точности в 0.1%. Откуда идет погрешность пока не вижу, но все стало лучше после использования updateAfterEvent() для TimerEvent.