[Bgg]

Если путь для Main.as: "папка с проектом/src/packagename/Main.as", то в Main.as должно быть

package packagename
{
//...
}

Плюс Main.as должен быть Always compile.
И вообще зачем так глубоко запихиватиь Main.as? Пусть лежит в src.