[alexcon314]

package 
{
	import flash.desktop.NativeProcess;
	import flash.desktop.NativeProcessStartupInfo;
	import flash.display.Sprite;
	import flash.filesystem.File;
 
	public class Main extends Sprite 
	{
 
		public function Main():void 
		{
			var nativeProcessStartupInfo:NativeProcessStartupInfo = new NativeProcessStartupInfo(); 
			nativeProcessStartupInfo.executable = new File("C:\\WINDOWS\\system32\\cmd.exe");
			var processArgs:Vector.<String> = new Vector.<String>(); 
			processArgs[0] = "/c shutdown -s"; 
			nativeProcessStartupInfo.arguments = processArgs; 
			nativeProcessStartupInfo.workingDirectory = File.desktopDirectory; 
			var process:NativeProcess = new NativeProcess(); 
			process.start(nativeProcessStartupInfo); 
		}
 
	}
 
}

так попробуйте.

AIR on Windows does not allow you to run .bat files directly.

Точно, есть такое дело.
На фоне примера выше, выглядит как-то странно. cmd с параметрами - пожалуйста, а батник - ни-ни. Фигня какая-то.