Создай один контекст для них, и укажи его при загрузке. Тут дело не в кросдоменных политиках уже, а в том, что у main.swf свои ресурсы и своя сцена, а надо, чтобы она была единой
Код AS3:
var loader:Loader = new Loader();
loader.contentLoaderInfo.addEventListener(Event.COMPLETE, onLoaderCompele);
if (Security.sandboxType == Security.REMOTE) {
var context:LoaderContext = new LoaderContext();
context.applicationDomain = new ApplicationDomain(ApplicationDomain.currentDomain);
context.securityDomain = new SecurityDomain(SecurityDomain.currentDomain);
loader.load(new URLRequest("https://blablabla.com/main.swf"), context);
} else {
loader.load(new URLRequest("https://blablabla.com/main.swf"));
}