Попробуйте указать
Код AS3:
<param name="allowScriptAccess" value="always" />
<embed ... allowScriptAccess="always"
А вообще
Код AS3:
getURL("http://www.seoreg.su","_blank");
открывает всплывающее окно, и флеш тут ни при чем, код правильный.. Единственное, если баннеры рассчитаны на работу на конкретном сайте, то можно открывать ссылку через ExternallInterface путем вызова JS-функции, да и то не факт.