Если у вас размеры рутового физерс контейнера привязаны к AUTOSIZE_MODE_STAGE, то не думаю что он виноват. Тем более там у вас вроде видно что старлинг не принимает правильный размер натив стейджа.
Но если можно легко его отключить и проверить, то всегда лучше отбрасывать возможные варианты.
Сейчас похожу по коду старлинга, как он там реагирует на смену ориентации и стейджа.
Может глянуть stage.fullScreenWidth, от них отталкиваться при создании вьюпорта старлинга? У вас апп с системной панелью iOS? или в полный экран?
Добавлено через 16 минут
вот с этими тегами пробовали играть?
Код AS3:
<fullScreen>true</fullScreen>
<autoOrients>true</autoOrients>
<aspectRatio>portrait</aspectRatio>