В общем мобильное приложение у меня работает теперь норм с одним и тем же app id, что и iframe приложение.
Использую удобные ANE для VK:
https://github.com/kavolorn/VK-ANE
Но тут другая проблема. Чтобы попасть в каталог мобильных приложений всё же придётся делать новое standalone приложение:
http://joxi.ru/qVrwo6OUvZP4rX