[switcher!]

Идем к основам. Например, к конструктору основного класса.
Смотрим его код от самого начала и вникаем в каждую стручку.
- Присваивание переменным значения/ссылок (тут особое внимание на создание экземпляров пользовательских классов. Если таковой есть - кидаем все, лезем в этот класс и смотрим его конструктор)
- если есть вызов функций в конструкторах, кидаем конструктор - смотрим функции с их аргументами.
Иначе говоря, приоритет внимания на максимальную вложенность.
- добавления слушателей и их обработчики пока не рассматриваем (держим в голове - все равно не выполняться пока, как минимум, не завершится текущий блок кода - кроме, разве что, пользовательских событий)
- всякого рода операторы - читаем в порядке их появления в конструкторах.
- по завершению работы конструкторов, когда приложение работает на события - смотрим в первую очередь обработчики загрузок.
- смотрим обработчики ENTER_FRAME, TIMER... и еже сим.
- прочие обработчики

Думаю, принцип понятен. Это, конечно, может быть долго, нудно, а в большом коде еще можно забыть с чего начиналось. Но, имхо, этот способ самый основательный и надежный как автомат Калашникова.

+ самом собой постоянно думать и анализировать, для чего здесь указана та или иная строчка кода.
+ там, где непонятно - можно пошаманить со значениями и уже анализировать изменения.