[Dukobpa3]

Это конфиг для mxmlc. Такой у него формат. К тому же это не именно он, это немного модифицированный самим ФД. Ваш конфиг нужно искать в папке obj проекта. Это уже именно тот файл который отдается компилятору.
Я такую задачу решал антом. Брал этот самый конфиг из obj и заменял какие-то куски путей на серверные.