1. Как и обработка событий onEnterFrame, так и setInterval содержит какой-то код...
Пусть возьмем interval = 1000/fps
(То есть периоды вызовов одинаковые)
2. Естественно, что-то на экране может меняться при этом...И нужно перерисовать....вот тут-то и есть различие между onEnterFrame и setInterval...
onEnterFrame: перерисовывает весь экран полностью (по крайней мере до версии плейера 7 включительно было так,
в 8-ом говорят что такого не будет )
setInterval, а вернее updateAfterEvent() в нем: перерисует только ту часть экрана, где изменились свойства клипов...
Сделай выводы сам, а вопрос об использовании того или иного метода - зависит от fps, interval-а который ты задаешь, и от мувиков, которые будут обновляться...