Метод seek() работает только с RTMP потоком. В случае прогрессивного скачивания вы не можете производить поиск по незагруженным фрагментам. Если у вас Apache, вы можете скачать и установить Adobe Origin http Module - это позволит вам воспроизводить динамический поток по http протоколу, со всеми вытекающими - работающим поиском по треку.
На эту тему есть
видеурок. В третьей части рассказывается про установку и настройку данного модуля.
Так же существуют, так называемые, механизмы организации псевдопотока по http. Подробнее вы можете прочитать на страницах этих проектов:
1.
H264 Streaming Module для Apache
2.
FLV streaming module для Lighttpd