[Division]

Вообще, насколько я знаю, если есть FLA, то компилить должна FlashIDE. Её можно скомпилить в SWC и подключить к FD, тогда можно компилить с помощью Flex SDK.
Так что не совсем понимаю ситуацию.
Стоит галка Publish Settings -> ActionScript3 settings -> Automatically declare stage instances?