[mikhailk]

Питоновский скрипт запускается по абсолютному пути, примерно так:
C:\samples\scripts\test.py

Питон в переменных среды:
C:\Python27;C:\Python27\Scripts;

Решение через openWithDefaultApplication оказалось рабочим, но теперь хотелось бы, чтобы скрипт запускался в фоне, а не вылетал с окном поверх всего.

Добавлено через 2 часа 47 минут
Заработало.
Поставил в nativeProcessStartupInfo.executable не скрипт, а самого питона, а скрипт передал ему параметром.

                var processArgs:Vector.<String> = new Vector.<String>();
                processArgs[0] = pythonScript.nativePath;
                nativeProcessStartupInfo.arguments = processArgs;
                nativeProcessStartupInfo.executable = _pythonExecutor;
                process.start(nativeProcessStartupInfo);