Только что проверил. Без проблем пишет в скрытые папки.
Создал папку hidden на рабочем столе, скрыл ее
Дальше
Код AS3:
trace(File.desktopDirectory.resolvePath("hidden").exists); // true
var file:File = File.desktopDirectory.resolvePath("hidden" + File.separator + "someFile.txt");
var fileStream:FileStream = new FileStream();
fileStream.open(file, FileMode.WRITE);
fileStream.writeUTFBytes("test");
fileStream.close(); // создался файл someFile.txt с текстом test в скрытой папке на рабочем столе
Программе пофигу скрытая папка или нет. Она скрыта от людей