Несколько тысяч не получится - SWF порядка сотен мегабайт или даже под гиг? Вообще работа с таким исходником будет вряд ли возможна. Да и не скомпилируется такой файл.
Делайте внешнюю подгрузку, это обычное решение.
Другой вариант - скомпилировать картинки пачками в другие SWF, типа отдельных наборчиков, и подгружать уже их, если вы какой-то причине не хотите выкладывать JPG или PNG.
А вообще в CS3, например, есть шаблон Photo Slideshow. Встаете там на слой с картинками и делаете импорт сразу нескольких картинок (Import to Stage). Если они пронумерованы, то флеш перед импортом предложит разложить их по кадрам. Ну и подрихтовать чуть-чуть по мелочи останется - растянуть остальные слои, код подправить. Конечно, если картинок не очень много будет, и дальнейшая работа с файлом принципиально состоится
.