при грамотной архитектуре не надо хранить 1000 классов и связи между ними.
я рисую заготовки в xMind
обычно на схеме не более 3-7 объектов.
дальше увеличиваем детализацию по каждому объекту ( опять не больше 3-7)
потом может быть отдельный список событий, действий итп., которые на схеме были обозначены просто стрелочками..
PS:для as3 тоже есть UML инструменты, например
тут