С помощью Loader, вот тут пример
http://helpx.adobe.com/flash/kb/load...l-swf-swf.html
Вот пример
http://www.flasher.ru/forum/showpost...59&postcount=2
Тогда скорее всего вам нужно создавать Iframe приложение, которое позволяет хранить ваши swf-файлы приложения на вашем сервере, и подгружать их в главный swf.