Все тела в бокс2д имеют категорию бит (categoryBits), по умолчанию она везде 0x0001. Т.е. все тела с такой категорией бит будут сталкиваться друг с другом. Чтобы убрать определенную категорию бит (замаскировать), то тело не будет сталкиваться с телами имеющими эту категорию.
т.е, создаем фильтр:

Код AS3:
var filter:b2FilterData = new b2FilterData();
filter.maskBits = ~0x0001; // маскируем определенный бит
_body.GetFixtureList().SetFilterData(filter); // и добавляем фильтр к телу
После этого тело не будет сталкиваться ни с какими телами имеющими такую категорию.
Но я бы порекомендовал сначала назначить телам, которые не должны сталкиваться друг с другом другую категорию бит (так же через фильтр), например 0x0003. А потом замаскировать ее. Они будут сталкиваться с персонажем, но не будут между собой.
В общем, может где-то что-то упустил. Давно уже не делал этого, но вроде все правильно.