Создайте пермеменную _isShot:Boolean и вместе с созданием экземпляра класса пули, выставляйте значение в true. Получится, что если в данный момент пуля ещё летит, то создать новый экземпляр не получится. И проверяйте в EnterFrame координаты пули, если они больше сцены, то удаляйте пулю и isShot ставьте в false.