Хорошее MVC

[cpu]

Через контроллер. Точнее, как он решит, так и будет.

- получается контроллер имеет ссылку на модель. И меняет определенные данные через какой-нибудь set-метод?

Получается так:
1. View не имеет ссылок никуда, только рассылает события в контроллер.(данные введенные в input-поля хранит у себя, что бы их мог посмотреть контроллер через get-метод).
2. Контроллер имеет ссылку и на модель и на представление, и может работать с ними через их методы.
3. Модель отправляет события в контроллер если поменялись какие-то данные, и передает их ему через например set-методы. И наоборот.

В таком случае между View и model действительно нет прямой связи.
Но остается прямая связь между моделью и контроллером.