Вопрос по переходам.Как лучше?

[Бармалей]

это один из вариантов реализации нужного тебе перехода на другой раздел.
В каждом разделе делаешь анимацию его появления, фазу показа контента, на которой останавливаешь воспроизведение, и анимацию исчезновения-перехода. По окончании фазы выхода вызываешь функцию загружающую нужный тебе следующий раздел. Т.е. при нажатии на кнопку меню только запускаешь свф раздела на фазу выхода и меняешь номер следующего раздела в переменной, нужной для функции вызова следующего раздела.
Повторюсь еще раз, это только лишь один из вариантов реализации.