Скопировать MovieClip

[mre]

> Флешка подгружает из другой флэшки (swf) определённые MovieClips

При загрузке swf Вам доступны все классы, включенные в нее, а не какие-то определенные.

Как это сделать без нового подключения к флешке и изъятитя необходимого класса? Можно просто скопировать инстанцию?

Что Вы подразумеваете под подключением?
После того как флешка загружена можете создавать сколько угодно экземпляров включенных в нее классов через applicationDomain.