как отключить мышь у всего стейджа?

[caseyryan]

по идеи должен выключить мыша на всем стейдже, но не тут то было, все кнопки работают.

По какой такой идее? root != stage

[Wolsh]

по идеи должен выключить мыша на всем стейдже, но не тут то было, все кнопки работают.

а при чем здесь стейдж? Рут это документ-класс. Если у Вас кнопки выброшены с корабля в открытый космос стейдж, их отношение к мышам капитана не касается.
(У меня рут гасится, если что, вот так — и даже input-текстфилды не выделяются:

			(this.root as Sprite).mouseEnabled = false;
			(this.root as Sprite).mouseChildren = false;

Интересно это средствами языка делается или на нативном уровне?

Какого еще языка?)) Вы же не думаете, что TextField и Shape написаны на AS3? Не путайте интерфейс с реализацией.