>> При этом видимо нельзя использовать Embed
Это почему же?
Смотрите, можно перекомпилировать все ресурсы MXMLC или чем-нибудь типа SWFMill / SamHaXe (с последним сейчас пытаюсь разобраться - вроде интересная вещь, но до конца еще не понятно

)
Проблему компиляции множества картинок решаю так: написал маленькую программку на C# которая проходит по всем указаным папкам и генерит файлы по шаблону типа:

Код:
public static String ImgTemplate =
@"<mx:Component className=""${class}"">
<fl:Bitmap xmlns:fl=""flash.display.*"" xmlns:mx=""http://www.adobe.com/2006/mxml"">
<mx:Metadata>
[Embed(source=""${embed}"")]
</mx:Metadata>
</fl:Bitmap>
</mx:Component>";
Потом это все складывается в один файл типа:

Код:
public static String ProjectTemplate =
@"<?xml version=""1.0"" encoding=""utf-8""?>
<fl:Sprite
xmlns:mx=""http://www.adobe.com/2006/mxml""
xmlns:fl=""flash.display.*""
>
${templates}
</fl:Sprite>";
И компилируем все это добро в один заход с помощью COMPC. получившуюся библиотеку подключаем к проекту используя -include-libraries опцию компилятора - и все, все файлы картинок (в данном случае) появляются в нашей SWF - ну а дальше уже дело техники, как вы их будете использовать.