Как вы строите "дерево" проектов?

[fish_r]

Общеизвестна рекомендация строить дерево пакетов по принципу -

домен первого уровня.домен второго уровня.дальше что хочешь

Ну, например:

com.nemo.effects.Lights

Я каждый новый проект начинаю с построения структуры подобных папок/пакетов. Но может я неправильно
делаю? Ведь можно сделать просто центральное дерево, напр.: com.nemo.... а от него уже ветки
например: com.nemo.effects.Lights, com.nemo.freelance.phillips.banner, com.nemo.utils и т.д.

Как правильнее делать - централизовано? Или децентрализовано? Т.е. каждый новый
скрипт/проект начинать с создания структуры вложенных папок/пакетов.

Или я, наверное, не правильно рассуждаю. В пакетах храним описание классов, а проектах
их реализация. Так?