alatar,
Вернул все как было в файле index.templete.html
И изменил вот так:

Код AS3:
<script type="text/javascript" src="jquery-1.8.0.min.js"></script>
...
swfobject.createCSS("#flashContent", "display:block;text-align:left;");
$(document).ready(function()
{
document.getElementById("${application}").focus();
});
Как я понял, в document.getElementById("${application}") получаем нужный объект для браузера, в котором открываем приложение. Но почему-то опять это работает только для IE. А для Mozilla Firefox, Google Chrome - нет.
В чем может быть проблема?