В первой swf.
Код AS3:
var swfStage:Stage = this.stage;
swfStage.scaleMode = StageScaleMode.NO_SCALE;
swfStage.align = StageAlign.TOP_LEFT; // я изменил на TOP_LEFT
Во второй _вообще_ не нужно оперировать со scaleMode и align. Т.е. выпиливаем полностью код, управляющий этими параметрами из второй swf.
После загрузки, а точнее, после того как станут известны размеры второй флешки на стадии загрузки можно легко отцентровать ее по вкусу из кода, написанного в первой флешке. Например, если вы отслеживаете момент загрузки (подписываетесь на событие Event.COMPLETE), то в этом методе можно приписать код, располагающий вашу вторую флешку.
Код AS3:
function handler_loadComplete(event:Event):void {
const li:LoaderInfo = event.target as LoaderInfo;
// уже доступны размеры загруженной флешки. li.width, li.height
li.loader.x = (this.width - li.width) / 2; // центруем вторую флешку по горизонтали
li.loader.y = this.height - li.height; // опускаем до "границы" по вертикали
}