[alexcon314]

getTimer() возвращает время с момента старта ролика. При перезапуске вашего таймера надо это учитывать.

// кадр 1
m = 0; // начальное время минуты
s = 0; // начальное время секунды
m1 = 0; // начальное время минуты
s1 = 0; // начальное время секунды
rs =0;
rs1 =0;
t1=getTimer();

// кадр 2
stop();
count = function () {
t = getTimer() - t1;
// правильное время
s = int(t / 1000 ) - rs // время секунды
// время минуты
if ( s > 59 ) {
               m = m + 1; 
               rs = int(t /1000)
              }
// не правильное время
s1 = int(t / 600 ) - rs1 // время секунды
// время минуты
if ( s1 > 59 ) {
                m1 = m1 + 1; 
                rs1 = int(t /1000)
               }
};
// запуск функции
interval = setInterval(count, 1);
count();