[Hauts]

Не совсем понятно, зачем вам множество массивов. Щелкнули мышью — создали новую "цель". Старую удалили. Она же не нужна, верно?

Добавлено через 2 минуты
Насчет торможения из-за количества массивов — интуитивно хочется сказать, что нет, не тормозят. Когда их количество в разумных пределах. А вот в вашем случае — просто протестируйте. Отключите их как-нибудь и посмотрите.

Возможно проблема торможения не в массивах, а в обработчиках типа onEnterFrame. Или, например, может сильно тормозить duplicateMovieClip.