Для оффлайн ПО, где юзается флеш, есть AIR (и не только, см. например Zinc) Там возможностей работы с системой намного больше. Это я к тому, что ресурсоемкие задачи по шифрованию/дешифрованию там можно вынести в нативный для платформы код и не мучить флеш с его AS3
. Например, написав .dll на с++ (в айр это именуется ANE). Кстати, и многопоточность нативно можно прикрутить при желании.