[alexcon314]

Класс - логическая единица, кирпичик приложения, условно говоря.
Работа программы, написанной на классах, сводится к созданию экземпляров нужных классов.
Вы уже используете классы, например MovieClip, Sprite, Graphics, поэтому, думается, представляете о чем идет речь.
Компилятор AS требует описания каждого класса в отдельном текстовом файле. Поэтому разбить код на несколько файлов означает разбить код на классы. Т.е. нужно вычленить эти самые кирпичики из общей логики приложения. Зачастую кирпичиками являются клссы-наследники Sprite, несущие роль отображения графических элементов приложения.
Файлы классов в самом тривиальном случае можно держать все в одной папке. По мере разрастания приложения их можно группировать в пакеты, т.е. физически это означает их можно разложить в структуре директорий, названия которых будут повторять названия пакетов.