Сдается мне, конструкция вида
Код AS3:
var file:File = new File(path);
не создает файл в файловой системе, т.е. никаких манипуляций с диском не происходит.
Объект File - это объект, который может быть связан с реальным файлом, если он лежит по указанному пути, а может быть и не связан с файлом, если такого файла нет. Свойство exists призвано избежать подобных недоразумений.
Создать файл "с нуля" на диске можно при помощи FileStream и его методов. Или через FileReference.
А вот директории создаются таки через File#createDirectory(). И удаляются файлы и директории все-таки через объект File (File#deleteDirectory(), File#deleteFile()).
Ну, и операции копирования/перемещения, свойства (creation time и т.п.) так же доступны через объект File.
Вобщем, есть своего рода изюм.
В этом есть логика, нужно разобраться в вопросе. И да, о правах пользователя в файловой системе тоже не следует забывать.