можно создать отдельный ApplicationDomain и загрузить в него.
что-то такое:

Код AS3:
...
private var _domain :ApplicationDomain;
private var _loader :Loader;
...
_domain = new ApplicationDomain();
_loader.load(new URLRequest('lib.swf'), new LoaderContext(false, _domain));
а вытащить

Код AS3:
...
if (_domain.hasDefinition('MyClass')) {
return _domain.getDefinition('MyClass') as Class;
}
...
в итоге все классы по своим доменам и нет пересечений с основными классами