[f.g.programmer]

Вы не удаляли пули из массива, таким образом пули пытались удалиться повторно при следующей проверке на выход из границ.

Добавлено через 2 минуты
т.е. в принципе, если делать

 ammo.splice(ammo.indexOf(missile), 1);

должно работать и без

contains(missile)

Добавлено через 5 минут
да, и обход лучше делать не по оригиналу массива, а по его копии

for each(var missile:Missile in ammo.slice()){
//...
}