[alexcon314]

ExternalInterface сериализует данные в XML, т.е. по-сути в обычную строку. Соответственно, десериализует тоже только из XML. Упаковать бинарные данные в строку можно разными способами, зачастую используют base64.
Т.е. на стороне c# пакуем bytearray->base64, сериализуем полученную строку в XML, согласно формату ExternalInterface, отдаем. Во флеше вынимаем строку, делаем обратное преобразование base64->bytearray. Как то так. Благо либы АС3 для работы с base64 имеются. Обратно из флэша в c# процедура передачи bytearray повторяется.
...
И вообще, ваш вопрос практически не соотносится с темой топика. Нужно было создать отдельный топ.