По мультиплееру - посмотрите на то как сделано в source (это тот который counter-strike), там довольно занятные алгоритмы. Правда source engine ориентирован на udp, который флешом пока не поддерживается (за исключение AIR), но пользу извлечь можно.
link link
Что касается серверной части - я бы делал на базе
Netty
Все вышесказанное относится к аркадным играм. Если делать что-то пошаговое, то можно обойтись php или чем-то в этом роде