тоже писал мини-игру шутер. создавал класс "пуля". в главном классе создал массив. при щелчке мыши создавал новый объект пулю и клал в конец массива. далее отслеживал перемещение каждой пули и если она уходила за пределы массива, то удалял ее полностью (имя_Массива.splice(номер элемента, число элементов для удаления))

Код AS3:
public var bullets:Array = new Array();
/*
добавляем пули при клике
..............
*/
addEventsListener(Event.ENTER_FRAME, func);
/*
.......
*/
private function func(e:Event):void
{
moveBullet() //при обновлении экрана двигаем пулю
}
public function moveBullet():void
{
var i:Number;
for ( i= bullets.lenght-1; i >=0; i--) //перебираем каждую пулю с конца массива
{
/*двигаем пулю куда надо*/
if (/*пуля за пределами экрана */)
{
removeChild(bullets[i]);
bullets.splice(i,1);
i++; //так как элемент удален, возвращаемся на эту же позицию
}
}
}
Добавлено через 19 минут
простите за неточности и ошибки, писал из головы и для наглядности)