Разница между классами

[LifeIsRhythm]

Это вообще два разных варианта. В первым, после создания экземпляра Enemy, Вы сможете получить доступ к его public свойствам. А во втором Вы не можете обратится к свойству enemy, так-как оно локально и после выполнения метода init удалится из памяти.
Но именно в этом случае, первый вариант лучше. Чистый Object чаще используют только в том случаи, если он получился путем преобразования xml или json. Ну или ещё, как ассоциативный массив.

Добавлено через 2 минуты
Object является динамическим объектом, а в as3 к свойствам и методам динамических объектов, доступ в ... Вроде в полтора раза медленнее.