Вставьте в клип прозрачный элемент, который всегда однозначно задает у него... ну... скажем "ЦЕНТР"...
И относительно этого постоянного элемента позиционируйте клип.
Или устанавливайте его относительно абсолютных координат. К примеру? есть у меня анимация с таймлайнами и прочим. Размер ессно произвольный. На стэйдже весь этот бутерброд валяется с координатами допустим -100 на 378.....
Соотв выравниваем клип по центру по Х :

Код AS1/AS2:
var sourceStageWidth = Stage.width // Запоминаем базовый размер холста при запуске флэшки. Или просто от руки прописываем размер, который нам известен.
function onResize(){
clip._x = -100+( Stage.width - sourceStageWidth )/2
}
Соответственно, мы видим изменение размера холста и двигаем всю нашу кучу...