Длинное число после преобразования в строку изменяется

[udaaff]

значения одинаковые, но типы разные у этих айдишников - скрипт их нормально сравнивает и определяет, что они идентичны так и должно быть? Если в разных типах числа нормально сравниваются, может тогда и не стоит париться с преобразованием?

Строгое равенство и нестрогое равенство есть. Нестрогое может конвертировать типы в сравниваемые.

Вижу пока единственный выход - это перед тем как парсить json, всю эту текстовую портянку пропускать через регулярку и большие числа заключать в кавычки..

Ну, видимо, как-то так, да. Без вариантов. Т.е. на выходе все айдишники должны быть строками.