Флеш открывает попапы за счет стандартных методов javascript, блокирует их браузер или сторонная утилита. Какие образом флеш по вашему может воздействовать на них?
встречал флешки которые выплевывают попапы несмотря ни на какие блокировщики, увы распарсить не получилось