Я говорил про скрипт, находящийся на первом кадре (кстати, скрипты на кадрах лучше не размещать), а удаление не происходит потому, что вы вызываете метод removeChild у объекта, у которого нет дочерних элементов (функция onTimerComplete как раз не вложенная, это обычный метод класса ShortTimer). Можно, например, поставить ShortTimer на сцену, заменив

Код AS3:
var newTimer:ShortTimer = new ShortTimer;
на

Код AS3:
var newTimer:ShortTimer = new ShortTimer;
parent.parent.addChild(newTimer);
а

Код AS3:
removeChild(getChildByName("myContainer"));
заменить на

Код AS3:
parent.removeChild(parent.getChildByName("myContainer"));
Хотя, ИМХО, удалять и добавлять элементы на объект-родитель из дочернего не очень хорошо, лучше вызвать событие и удалить объект в коде основной сцены обработчиком этого события.