Эта прокрутка внутри вызываемого поп-апа?
Попробуйте задать окно в fx

eclarations:

Код AS3:
<fx:Declarations>
<s:SkinnablePopUpContainer id="alert" backgroundAlpha="0.5" backgroundColor="0x000000">
<s:Panel title="Alert" horizontalCenter="0" verticalCenter="0" width="50%" backgroundColor="0x000000">
<s:VGroup gap="10" verticalAlign="middle" horizontalAlign="center" left="10" right="10" top="10" bottom="10">
<!-- Здесь остальные элементы окна -->
</s:VGroup>
</s:Panel>
</s:SkinnablePopUpContainer>
</fx:Declarations>
Вызываем, центруем, закрываем:

Код AS3:
alert.open(this, false);
updateAlertPosition();
alert.close();
protected function updateAlertPosition(event:Event=null):void
{
if (alert.isOpen) {
alert.width = systemManager.screen.width;
alert.height = systemManager.screen.height;
}
}