Обратиться к .mxml из класса

[Dimitry_II]

Смысл <Application> как раз в том, чтобы оно было одно.
Если посмотреть на иерархию класса Application, то видно, что он наследуется из UIComponent, SkinnableComponent и т.д. - как другие, в том числе и базовые контейнеры, то есть для "других" правильнее было бы использовать удобные контейнеры (к примеру, BorderContainer).