Классы: объект в объекте.

[etc]

Head, Eyes должны быть классами, а ссылки на них — поля классов.

var human:Human = new Human();
human.head.eyes.color = 0xFF0000;

class Human {
    public function Human() {
        this._head = new Head();
    }

    private var _head:Head;

    public function get head():Head {
        return this._head;
    }
}

И т.д.