Обмен данными с локальным Java-приложением

[alexcon314]

Сокетное соединение может использовать порты на машине которые могут быть закрыты, быть отловлены фаерволом и т.д. могут быть проблемы короче говоря.

Это да.
Я знаю реализацию ЛЦ на Си. Порт на джаву.., по идее должно получиться. Взгляните тут: http://osflash.org/localconnection. Просто нужно из джавы заюзать WinAPI. Как вариант, отказаться от джавы.